根據(jù)《辦法》，農(nóng)業(yè)支持保護(hù)補(bǔ)貼資金由財(cái)政部會(huì)同農(nóng)業(yè)部分配。其中，農(nóng)業(yè)支持保護(hù)補(bǔ)貼用于耕地地力保護(hù)的資金，補(bǔ)貼對(duì)象原則上為擁有耕地承包權(quán)的種地農(nóng)民。用于糧食適度規(guī)模經(jīng)營(yíng)的資金，補(bǔ)貼對(duì)象為糧食適度規(guī)模生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)者，重點(diǎn)向種糧大戶、家庭農(nóng)場(chǎng)、農(nóng)民合作社和農(nóng)業(yè)社會(huì)化服務(wù)組織等新型經(jīng)營(yíng)主體和新型服務(wù)主體傾斜。對(duì)農(nóng)業(yè)信貸擔(dān)保體系建設(shè)的支持資金統(tǒng)籌用于資本注入等方面。
作為“以綠色生態(tài)為導(dǎo)向”的具體體現(xiàn)，《辦法》明確，對(duì)已作為畜牧養(yǎng)殖場(chǎng)使用的耕地、林地、成片糧田轉(zhuǎn)為設(shè)施農(nóng)業(yè)用地、非農(nóng)業(yè)征（占）用耕地等已改變用途的耕地，以及長(zhǎng)年拋荒地、占補(bǔ)平衡中“補(bǔ)”的面積和質(zhì)量達(dá)不到耕種條件的耕地等不予補(bǔ)貼。鼓勵(lì)采取多種措施，創(chuàng)新方式方法，提高農(nóng)作物秸稈綜合利用水平，引導(dǎo)農(nóng)民綜合采取秸稈還田、深松整地、減少化肥農(nóng)藥用量、施用有機(jī)肥等措施，切實(shí)加強(qiáng)耕地質(zhì)量保護(hù)，自覺(jué)提升耕地地力。
《辦法》提出，農(nóng)業(yè)支持保護(hù)補(bǔ)貼資金具體補(bǔ)貼標(biāo)準(zhǔn)、補(bǔ)貼依據(jù)和補(bǔ)貼方式等由各省結(jié)合本地實(shí)際確定。用于耕地地力保護(hù)的資金，可與二輪承包耕地面積、計(jì)稅耕地面積、土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)確權(quán)登記面積或糧食種植面積等掛鉤。用于糧食適度規(guī)模經(jīng)營(yíng)的資金，可采取貼息、重大技術(shù)推廣與服務(wù)補(bǔ)助等方式支持多種形式的糧食適度規(guī)模經(jīng)營(yíng)。近幾年重點(diǎn)用于支持建立完善農(nóng)業(yè)信貸擔(dān)保體系。同時(shí)，鼓勵(lì)創(chuàng)新適度規(guī)模經(jīng)營(yíng)的支持方式。對(duì)農(nóng)業(yè)信貸擔(dān)保機(jī)構(gòu)的資本注入規(guī)模和節(jié)奏要根據(jù)擔(dān)保業(yè)務(wù)運(yùn)營(yíng)情況合理確定；對(duì)新型經(jīng)營(yíng)主體貼息不超過(guò)利息的50%；對(duì)重大技術(shù)推廣與服務(wù)補(bǔ)助，應(yīng)采取“先服務(wù)后補(bǔ)助”、提供物化補(bǔ)助、政府購(gòu)買(mǎi)服務(wù)等方式；不鼓勵(lì)對(duì)新型經(jīng)營(yíng)主體實(shí)行現(xiàn)金直補(bǔ)。單戶補(bǔ)貼要設(shè)置合理的補(bǔ)貼規(guī)模上限。
《辦法》規(guī)定，農(nóng)業(yè)支持保護(hù)補(bǔ)貼資金應(yīng)按規(guī)定設(shè)定績(jī)效目標(biāo)，開(kāi)展績(jī)效運(yùn)行監(jiān)控。財(cái)政部會(huì)同農(nóng)業(yè)部按照預(yù)算績(jī)效管理規(guī)定和資金管理需要，對(duì)各省資金使用情況開(kāi)展績(jī)效評(píng)價(jià)。省級(jí)財(cái)政、農(nóng)業(yè)部門(mén)對(duì)市縣級(jí)政策實(shí)施情況開(kāi)展績(jī)效評(píng)價(jià)。